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Mouse Embryonic cDNA Clones

NIA/NIH Mouse cDNA Clone Setから１個のクローンをどうやって見つけるか
RIKEN DNA Bank独自にはサーチページを準備しておりませんので、いずれかの方法で検索して頂くことになります。

  1. RIKEN DNA Bankが提供するNIA 22.4K mouse cDNA Cloneのエクセルファイルが下記にありますので、これをダウンロードしてご利用下さい。
    NIAmouse22k.xls (2006.11.28)
    (4.2 MB; Clone Name, GeneID, NCBI UniGene ID, Gene Symbol, LocusLink ID, RefSeqRNA, 5_seq, 3_seq)

  2. NIA Mouse 15k Search PageではRIKEN DNA Bankに寄託されている15Kクローンセットからクローンを検索することが出来ます。
    このページに行くと、下記のような検索ページが表示されますので、まずは
    検索窓に「Pou5f1」、ラジオボタンは「Gene Symbol」をチェックして
    検索してみて下さい。（下記の「Show NIA 15k Sequences」をクリックすると検索ページが現れます）
    NIA Mouse 15k Search Page ( Last Update: 12/20/2002 )

    Please Enter Data        
     Accession  Sequence Name  UniGene ID  Chromosome  Gene Symbol  Gene Ontology  Domain Name
    Tip: 「UniGene ID」で検索する場合は、IDの数字のみを入力して下さい。アタマの「エムエムピリオド」を入力すると検索されません。
    Tip: 「GeneSymbol」はNCBIの設定した遺伝子シンボルでなければ検索されません。例で示したPOUドメイン蛋白質「Pou5f1」には次のような別名が有ります：
    「Oct-3, Oct-3/4, Oct-4, Oct3, Oct3/4, Oct4, Otf-3, Otf-4, Otf3, Otf3-rs7, Otf3g, Otf4」
    有名なPOUドメイン蛋白質ですが、これら全ての文字で「You entered invalid Gene Symbol」のため、何も見つからないと言ってきます。
    Tip: NCBIの遺伝子シンボルはあらかじめ下記の窓で検索してゲットして下さい。
     Search   for 
    Tip: NCBIのデータベース：
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene

    NIA Mouse 15k Search Pageの検索の結果、下記のような表がでてくると思います。
    NIA 15k Sequences with NCBI Mouse UniGene Symbol 'Pou5f1'
    S.NoSeqNameGB#UnigeneGeneSymbolLocusLinkChromosomeRepAcc
    1H3028H01-3BG065240Mm.17031Pou5f11899917NM_013633
    2H3028H01-5BG078528Mm.17031Pou5f11899917NM_013633
    あらわれた検索結果のうち、「SeqName」に表示された値が目的のクローンの配列名であり、プレートならびに行列番号を示しています。クローンの提供申込み時にはこれを提供申込書に記入して下さい。
    Tip: SeqNameの「-3」ならびに「-5」は塩基配列の3'側および5'側をそれぞれ意味しています。
市販アレイでヒットしたクローンをどうやって見つけるか

マイクロアレイに搭載されているクローンの識別情報には様々な記号が混在しています。ある資料のGeneName欄を見ると、

クローンのＩＤが判っている場合

当開発室から提供可能なクローンは、次のクローンセットのクローンです。 15K cDNA Clone はH3001A01から3159G07、7.4K cDNA CloneはH4001A01から4079G07、ERATO Preimplantation Mouse Embryonic cDNA Clone はこのページの表に示したJから始まるクローン (例 J0001A01)です。アレイデータにこれらに該当する記号があれば、そのクローンは当開発室から提供可能です。

クローンのＩＤが判らない場合

このページの冒頭で述べたように、NCBIの遺伝子シンボルを元にクローンのＩＤを得ることが出来ますので、与えられた情報を用いて検索し、NCBIの遺伝子シンボルを得て下さい。
Tip: NCBIの遺伝子シンボルは下記の窓で検索してゲットして下さい。
 Search   for 
Tip: NCBIのデータベース：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene


それでもクローンのＩＤが判らない場合

DDBJ/EMBL/GenBankのアクセッション番号が提示されている場合は、 http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getstart-e.html からデータを入手して下さい。例えば C81234は情報欄を見ると
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..573
                     /clone="J0096B11"
と示されており、当開発室取扱いクローンであるJ0096B11ということが分かります。
またNIAの提供する検索ページ http://lgsun.grc.nia.nih.gov/cgi-bin/pro1 から検索することもできます。

Please enter a database, Laboratory of Genetics Database Search Engine in NIA/NIH to search Preimplantation Mouse Embryonic cDNA Clones.


The following individual clones are available from RIKEN DNA Bank:

NIA/NIH Mouse cDNA Clone Set
Library Name # Plates Clone Numbers Funded By Reference
NIA Mouse 15k cDNA Clone Set 159 H3001A01 - H3159G07 NIA Proc. Natl. Acad. Sci. USA 
97, 9127-9132
Nature Genetics 
28, 17-18
NIA Mouse 7.4k cDNA Clone Set 79 H4001A01 -  H4079G07 NIA Genome Research 
12, 1999-2003


Preimplantation Mouse Embryonic cDNA Clones
Library Name # Plates Clone Numbers Funded By Reference
1-cell Unfertilized Egg 61 J0400A01 - J0460H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
1-cell Fertilized Egg 61 J0200A01 - J0260H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
2-cell Embryo 51 J0700A01 - J0750H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
4-cell Embryo 51 J1000A01 - J1050H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
8-cell Embryo 51 J0500A01 - J0550H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
16-cell Embryo 31 J0800A01 - J0830H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
16-cell Embryo 51 J0900A01 - J0950H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
3.5-dpc Blastocyst 111 J0001A01 - J0111H12 ERATO Doi Development
127, 1737-1749
Total Plates 468    

お問い合わせはこちらまで dnabank@brc.riken.jp
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2005.11.26