遺伝工学基盤技術室では、リソースをより高度なクオリティにて維持供給するために必要な遺伝工学関連技術開発を行います。技術開発の柱として主に、核移植法、顕微授精法、胚・生殖細胞の凍結・輸送法、そして新規幹細胞の樹立法の４つの課題を実施します。

1. 核移植法
   これまでに８種類の細胞種を用いてクローンマウスの作出に成功しており、さらに安定した産子作出効率の達成をめざしています。
2. 顕微授精法
   通常の体外受精には使えない雄性生殖細胞、すなわち未成熟精子（精細胞）、異常精子、フリーザー凍結保存個体から回収した精子などを用いて安定的に子孫を作出しています。
3. 胚・生殖細胞の凍結・輸送法
   最適な胚や卵子および精子の冷蔵および凍結保存方法の確立と共に、安定した状態でこれらリソースを輸送する条件の検討を進めています。
4. 新規幹細胞の樹立法
   C57BL/6マウスES細胞、核移植由来ES細胞、野生由来マウス交雑系ES細胞などのさまざまなマウスES細胞に加え、ウサギES細胞、マウス莢膜幹細胞の樹立に成功しています。

　

さらに技術開発に加え、マウス精子・胚の凍結保存方法に関する技術研修を定期的に実施するなど、開発した技術の普及にも努めています。